Пугачёвское восстание вскрыло серьёзные недостатки существующего областного управления: во-первых, прежние губернии представляли слишком обширные административные округа; во-вторых, эти округа были снабжены недостаточным количеством учреждений со скудным личным составом; в-третьих, в областном управлении смешивались различные ведомства: одно и то же управление ведало и администрацию собственно, и финансы, и суд. С целью устранить эти недостатки Екатерина в 1775 году начала губернскую реформу. Было введено новое областное деление: вместо 20 обширных губерний, на которые делилась тогда Россия, вся империя была разделена на 50 губерний (таковыми стали округа по 300–400 тысяч жителей, которые в свою очередь подразделялись на уезды с населением в 20–30 тысяч обывателей). Каждая губерния получила единообразное административное и судебное устройство.
Вторая половина царствования Екатерины оказалась не такой бурной, как первая. Мерное течение событий нарушалось только периодической сменой фаворитов. В 1772 году получил отставку Григорий Орлов. Через два года его место занял Григорий Потёмкин, сделавшийся в короткое время самым могущественным вельможей в государстве. Были затем и другие фавориты, но никто из них не мог сравниться по своему влиянию с Потёмкиным. Жизнь императрицы протекала спокойно и размеренно. Она просыпалась обыкновенно в шесть часов утра, полоскала рот тёплой водой, натирала щёки льдом и шла в свой кабинет. Здесь её ждал очень крепкий кофе, к которому подавались обычно густые сливки и печенье. Покончив с едой, государыня садилась за работу. В девять она возвращалась в спальню и принимала доклады. Первым входил обер-полицмейстер. Затем являлся секретарь и начиналась работа с документами. Как известно, императрица читала и писала на трёх языках, но при этом допускала множество синтаксических и грамматических ошибок, причём не только в русском и французском, но и в своём родном немецком. Секретарям приходилось переписывать набело все черновики императрицы. Занятия с секретарём прерывались то и дело визитами генералов, министров и сановников. Так продолжалось до обеда, который был обычно в час или два.
Отпустив секретаря, Екатерина уходила в малую уборную, снимала капот и чепец, облачалась в чрезвычайно простое, открытое и свободное платье с двойными рукавами и широкие башмаки на низком каблуке. Закончив туалет, она переходила в официальную уборную, где завершалась церемония одевания. Это было время малого выхода. Здесь собирались внуки, фаворит и несколько близких друзей вроде Льва Нарышкина. Государыне подавали куски льда, и она совершенно открыто натирала ими свои щёки. Затем причёску покрывали маленьким тюлевым чепчиком, и туалет на этом кончался. Вся церемония продолжалась около 10 минут. Все отправлялись к столу. Обед продолжался около часа и был очень прост. Любимым блюдом Екатерины была варёная говядина с солёными огурцами. В качестве напитка она употребляла смородиновый морс. За десертом подавали фрукты, по преимуществу яблоки и вишни. После обеда Екатерина несколько минут беседовала с приглашёнными, затем все расходились. Екатерина садилась за пяльцы — она вышивала очень искусно, а Бецкой читал ей вслух. Отдых продолжался около часа. В условленное время императрице докладывали о приходе секретаря: два раза в неделю она разбирала с ним заграничную почту и делала пометки на полях депеш. В другие установленные дни к ней являлись должностные лица с донесениями или за приказаниями.
В четыре часа рабочий день императрицы заканчивался, наступало время отдыха и развлечений. По длинной галерее Екатерина в сопровождении фаворита переходила из Зимнего дворца в Эрмитаж. Это было её любимое место пребывания. Она рассматривала новые коллекции и размещала их, играла партию в бильярд, а иногда занималась резьбой по слоновой кости. В шесть часов императрица проходила в приёмные покои Эрмитажа, уже наполнявшиеся лицами, имевшими вход ко двору. Екатерина медленно обходила гостиную, говорила несколько милостивых слов и затем садилась за карточный стол. Играла она с большим старанием и увлечением. В десять часов игра кончалась, и государыня удалялась во внутренние покои. Вернувшись к себе, она уходила в спальню, выпивала большой стакан кипячёной воды и ложилась в постель.
В 1787 году Екатерина совершила одно из своих самых длительных и известных путешествий — отправилась в Крым, который с 1783 года был присоединён к России. Не успела она затем возвратиться в Петербург, как пришла весть о разрыве отношений с Турцией: началась вторая турецкая война. В довершение неприятностей повторилась ситуация 1760-х годов, когда одна война потянула за собой другую. Едва собрали силы для отпора на юге, как стало известно, что король шведский Густав III намерен учинить нападение на беззащитный Петербург. В июле 1788 года началась шведская война. Потёмкин был занят на юге, и все тяготы её целиком легли на плечи Екатерины. Как и в молодости, она развила бурную деятельность и лично входила во все дела по управлению морским ведомством. Благодаря этим трудам угрозу с севера удалось отразить. 3 августа 1790 года после нескольких морских сражений был заключён Версальский мир; границы обоих государств остались без изменений. А в декабре 1791 года в Яссах был заключён мир с Турцией. Россия не только сохранила все свои владения, но и получила междуречье Днестра и Буга, где вскоре была построена Одесса; Крым окончательно признавался её владением.
Последним важным деянием Екатерины стал раздел Польши и присоединение к России западных русских земель. Многолетняя анархия и события 1772 года образумили многих шляхтичей. Преобразовательная партия на четырёхлетнем сейме 1788–1791 годов выработала новую конституцию, проведённую кое-как революционным путём 3 мая 1791 года. Однако Екатерина отказалась её признать. Заключив мир с Турцией, она двинула в Польшу русские войска. Это послужило прологом к новому разделу. В ноябре прусский посол в Петербурге, граф Гольц, представил карту Польши, где был очерчен участок, желаемый Пруссией. В декабре, после подробного изучения карты, Екатерина утвердила русскую долю раздела, включавшую в себя большую часть Белоруссии. Решение держав привело поляков в отчаяние. После окончательного краха майской конституции у её приверженцев, как выехавших за границу, так и оставшихся в Варшаве, было только одно средство действовать в пользу проигранного предприятия: составлять заговоры, возбуждать недовольство и дожидаться удобного случая для поднятия восстания. Всё это и было проделано. Центром выступления стала Варшава. Хорошо подготовленное восстание началось рано утром 6 апреля 1794 года и было неожиданностью для русского гарнизона. Большая часть солдат была перебита и лишь немногие с потерями смогли пробиться из города.
В ответ в сентябре между Австрией, Пруссией и Россией было достигнуто соглашение о третьем разделе. Западными границами России становились Буг и Неман. К ней отходили Курляндия и Литва. 4 ноября после ожесточённого штурма Суворов взял Варшаву. Революционное правительство было уничтожено. Власть вернулась к королю Станиславу Августу. «Судьба Польши, — писал он Екатерине, — в ваших руках; ваше могущество и мудрость решат её; какова бы ни была судьба, которую вы назначите мне лично, я не могу забыть своего долга к моему народу, умоляя за него великодушие Вашего Величества». Впрочем, надежды на снисходительность русской императрицы оказались тщетны. Екатерина отвечала: «Не в моих силах было предупредить гибельные последствия и засыпать под ногами польского народа бездну, выкопанную его развратителями, и в которую он наконец увлечён…» 13 октября 1795 года произведён был третий, окончательный, раздел: Польша исчезла с карты Европы.
За этими событиями вскоре последовала смерть русской государыни. Упадок нравственных и физических сил Екатерины начался с 1792 года. Она была надломлена и смертью Потёмкина и тем необычайным напряжением, которое ей пришлось вынести в последнюю войну. Екатерина упорно боролась со старостью и недугами, но в сентябре 1796 года слегла в постель. Её не оставляли колики, на ногах открылись раны. Лишь в конце октября императрица почувствовала себя лучше, но улучшение было кратковременным. 5 ноября Екатерина встала в свой обычный час, поработала с секретарём и, отпустив последнего, приказала ему подождать в прихожей. Секретарь прождал необыкновенно долго и начал беспокоиться. Через полчаса последний фаворит Екатерины Зубов решился заглянуть в спальню. Императрицы там не было; не было её и в туалетной комнате. Зубов в тревоге позвал людей; побежали в уборную и там увидели императрицу недвижимую с покрасневшим лицом, с пеною у рта. Екатерину перенесли в спальню и уложили на полу. Она сопротивлялась смерти ещё около полутора суток, но так и не пришла в себя и скончалась утром 6 ноября.